目前，临床执业医师资格综合笔试全部采用选择题纸笔考试形式。医师资格综合笔试采用A型（最佳选择题）和B型题（配伍题），共有A1、A2、B1、A3、A4五种题型。
A1 型题（单句型最佳选择题）：每道试题由1个题干和5个供选择的备选答案组成。题干以叙述式单句出现，备选答案中只有1个是最佳选择，称为正确答案，其余4个均为干扰答案。干扰答案或是完全不正确，或是部分正确。
A2 型题（病例摘要型最佳选择题）：试题结构是由1个简要病历作为题干、5个供选择的备选答案组成，备选答案中只有1个是最佳选择。
B1 型题（标准配伍题）：试题开始是5个备选答案，备选答案后提出至少2道试题，要求应试者为每一道试题选择一个与其关系密切的答案。在一组试题中，每个备选答案可以选用一次，也可以选用数次，但也可以一次不选用。
A3 型题（病例组型最佳选择题）：试题结构是开始叙述一个以患者为中心的临床情景，然后提出2个～3个相关问题，每个问题均与开始的临床情景有关，但测试要点不同，且问题之间相互独立。
A4 型题（病例串型最佳选择题）：开始叙述一个以单一病人或家庭为中心的临床情景，然后提出3个～6个相关问题。当病情逐渐展开时，可以逐步增加新的信息。有时陈述了一些次要的或有前提的假设信息，这些信息与病例中叙述的具体病人并不一定有联系。提供信息的顺序对回答问题是非常重要的。每个问题均与开始的临床情景有关，又与随后的改变有关。回答这样的试题一定要以试题提供的信息为基础。
临床执业医师医学综合笔试全部采用选择题形式。采用A型和B型题，共有A1、A2、A3、A4、B1五种题型，临床执业医师考试总题量约为600题。